Die Frauenkirche zwischen alten Bauernhöfen in einer Senke gelegen, ist sicher das am wertvollsten ausgestattete Gotteshaus unseres Pfarrverbandes. Es ist auch das Einzige, in dem die Ausstattung weitgehend geschlossen erhalten geblieben ist. Im Kern spätgotisch, wurde sie um 1700 innen und außen barock umgestaltet. Der schlichte Saalbau mit stark eingezogenem Chor trägt eine Flachdecke, die seit 1959 mit einem Fresko des Pfaffenhofener Kunstmalers Michael P. Weingartner bemalt ist. Es zeigt die eine Menschenmenge segnende Muttergottes.

Drei prächtige Altäre – zwischen 1680 und 1706 geschaffen - prägen die liturgische Einrichtung, die Wilhelm Neu der Dießener Kistlerwerkstatt von Heinrich Hett zuweist. Auch wenn der südliche Seitenaltar noch mehr Renaissancemotive aufweist, die beiden anderen hingegen ausschließlich die runden weichen Formen des Barock, sind sicher alle drei Altäre aus einem künstlerischen Konzept und zeitnah entstanden und auch in einer Werkstatt gefertigt worden.

Altarskulpturen und Altararchitektur wurden in engem Zusammenhang konzipiert und bezogen die vorhandenen spätgotischen Skulpturen mit ein. Herzstück des Choraltars ist die spätgotische Skulptur der thronenden Muttergottes mit dem Kind (um 1490), zu der das Relief mit der Darstellung einer Marienkrönung im Altarauszug gehört (um 1490). Zu der kostbaren spätgotischen Ausstattung der Marienkirche gehören auch die beiden Altarskulpturen des Petrus und des Paulus (um 1510), die vermutlich aus einer Münchner Werkstatt stammen. Um 1520/1530 ist die berührende Skulpturengruppe der Kreuzabnahme an der südlichen Langhauswand entstanden. Sie wird von einem Gemäldepaar gerahmt, auf dem die Heiligen Wendelin und Notburga dargestellt sind (um 1750). Möglicherweise sind sie dem Pollinger Klostermaler Johann Baptist Baader zuzuschreiben.

Zusammen mit den Altären wurden die beiden Skulpturen der Seitenaltäre bestellt: der Hl. Sylvester (um 1670/80) und der Hl. Josef (um 1700/1710). Letzterer wird dem Landsberger Bildhauer Lorenz Luidl zugeschrieben. Die Rosenkranzmuttergottes im Chorbogen ist die Stiftung eines Ehepaares Stainer (1688).

Aus der früher prächtig ausgestatteten Stephanskapelle (Privatbesitz), etwa ein Kilometer außerhalb Machtlfings gelegen, ist das frühbarocke Altarretabel (um 1650) mit der kleinen Holzskulptur des Patrons an der Nordwand aufgehängt. Diese Stephansfigur ist die älteste Skulptur der Frauenkirche (Mitte 15. Jh.). Aus der Stephanskapelle stammt vermutlich auch die Skulptur des Auferstandenen Christus (um 1720/30) sowie fast alle Votivbilder.